Lauttasaaren Myllykalliolle perustettiin ensimmäinen ilmatorjuntapatteri jo pian liikekannallepanon jälkeen 14. lokakuuta 1939. Myllykalliolle siirtyi tuolloin asemiin res.luutn. Willy Bengelsdorffin komentama 53. raskaan ilmatorjuntapatterin 1. jaos (I/53 raskas It.ptri). Patterin aseistuksena oli kaksi Boforsin 76mm liikuteltavaa it-tykkiä. 53. raskas ilmatorjuntapatteri siirtyi pois Lauttasaaresta jo sodan alettua 3.12.1939 ja tilalle siirtyi Herttoniemestä 1. raskas ilmatorjuntapatteri, joka sai käskyn siirtyä 27. joulukuuta Riihimäelle, mutta palasi takaisin tammikuun puolivälissä. Helmikuun 20. päivänä 1940 Myllykalliolle siirtyi Tampereelta 59. raskas ilmatorjuntapatteri komentajanaan luutnantti U. Kallio. Patteri toimi Lauttasaaressa ainoastaan kuukauden, kunnes se siirrettiin Pajamäkeen. Taistelutoiminta oli talvisodan aikana Lauttasaaren pattereilla varsin vähäistä hyökkäysten tullessa pääosin sellaisista suunnista, että hyökkäävät koneet olivat Lauttasaaren patterin ulottumattomissa. Lauttasaaressa oli talvisodan aikana lisäksi yksi 51. valonheitinpatterin seurantavalonheittimistä.
Uuden sodanuhan vuoksi Helsingin ilmapuolustusta alettiin rakentaa nopeasti uudelleen kesällä 1941. Kesäkuun 16. päivänä 1941 perustettiin 4. raskas ilmatorjuntapatteri, joka sai peitenimekseen ”Lautta”. Patterin päälliköksi nimitettiin luutnantti Eemeli Kaipiainen ja siirtyi Myllykalliolle 17.6.1941. Aseistuksena oli aluksi kolme italialaista Breda-ilmatorjuntatykkiä ja kaksi Maxim-konekivääriä. Lisäksi käytössä oli Borletti-tulenjohtokone ja San Giorgio -etäisyysmittari. Joulukuun alussa 1942 Breda-tykkien tilalle tuli neljä 76 ItK/31 -sotasaalistykkiä sekä uusi etäisyysmittari ja tulenjohtokone. Marraskuussa 1943 patteri sai vielä kaksi 76 Itk/31 -tykkiä lisää, käsittäen yhteensä kuusi tykkiä ja kaksi ilmatorjuntakonekivääriä.
Lauttasaareen perustetiin jatkosodan aikana myös 8. raskas ilmatorjuntapatteri ”Puisto”, joka sijoitettiin Veijarivuorenniemeen. ”Puisto”-patteri oli Helsingin lounaisen sektorin johtopatteri ja sillä oli käytössään tuon ajan uusinta sotatekniikkaa, saksalaisilta saatu Irja-ilmatorjuntatutka. Lauttasaaren ilmatorjuntapatterien työllä oli merkittävä vaikutus helmikuun 1944 suurpommitusten torjumisessa.
Myllykalliolla sijaitsee Lauttasaaren ilmatorjunnan muistotykki (paljastettu 1980) ja Veijarivuorenniemessä koko Helsingin ilmatorjunnan muistotykki.